tasklist /FI "IMAGENAME eq notepad.exe"
프로세스가 실행중이든 실행중이지 않든 쿼리 결과에 대한
%errorlevel%값은 0이더라.

stakoverflow에서
how to check if a process is running via a batch script 참조한결과
find명령어를 추가하여 errorlevel을 조정할 수 있다.

tasklist /FI "IMAGENAME eq notepad.exe" 2>NUL | find /I /N "notepad.exe">NUL

if %ERRORLEVEL%  == 1(
goto INSTALL
)

이 방법으로 PaTray.exe가 프로세스로 떠 있지 않는 이슈를 해결하였다.